Od lutego 2026 r. możliwość składania wniosku o certyfikat oraz jego pobrania jest dostępna w API KSeF 2.0 oraz w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0. Uprawnienia, które wcześniej zostały nadane w MCU, zostały przeniesione do KSeF 2.0, są więc widoczne i obowiązują również w Aplikacji Podatnika KSeF 2.0.